ペンネーム「うずしお」さん、こんにちは。
司法書士法３条１項１号は、司法書士がすることのできる業務として「登記又は供託に関する手続について代理すること。」と定めています。
「登記」には、不動産登記・会社の商業登記・個人商人に関する登記等さまざまな種類があるのですが、ご質問のあった船舶の登記も含まれております。
よって、司法書士は、船舶の登記についての登記申請代理をすることができます。